串联重复序列比对的位置筛选方法
Position filtering method for tandem repeat sequence alignment
1. 中国科学技术大学 计算机科学与技术学院, 合肥 230027
2. 安徽省高性能计算重点实验室, 合肥 230027
3. 华中农业大学 信息学院, 武汉 430070
摘要
串联重复序列是基因组构建的困难片段，由于其重复单元之间的相似性与其拷贝数的不确定性，在序列比对时容易定位到多个候选位置，如何快速而准确地筛选出正确的比对位置是一项挑战。现有方法使用种子（从测序片段中选取的短序列）来定位并扩展候选比对位置，但挑选种子时未考虑串联重复序列特性。因此，提出了一种串联重复序列比对的位置筛选方法，其通过计算稀有kmer（长度为k的子序列）序列的相似性来筛选比对结果。此外，采用合并稀有kmer的策略加速计算，并利用基于编辑距离的模糊查找以提高过滤信息密度。实验结果表明，在模拟数据集上提高比对结果的召回率与准确率的同时，该方法比现有方法快约2倍，且具有良好的并行加速性能。
基金项目
国家自然科学基金面上项目(61672480)
国家外专局111引智计划资助项目(BP0719016)
出版信息
DOI: 10.19734/j.issn.1001-3695.2023.12.0614
出版期卷: 《计算机应用研究》 印刷出版, 2024年第41卷 第7期
所属栏目: 软件技术研究
出版页码: 2160-2164
文章编号: 1001-3695(2024)07-033-2160-05
发布历史
[2024-03-07] 优先出版
[2024-07-05] 印刷出版
引用本文
温华铭, 徐云, 杨金宝. 串联重复序列比对的位置筛选方法 [J]. 计算机应用研究, 2024, 41 (7): 2160-2164. (Wen Huaming, Xu Yun, Yang Jinbao. Position filtering method for tandem repeat sequence alignment [J]. Application Research of Computers, 2024, 41 (7): 2160-2164. )
关于期刊
- 计算机应用研究 月刊
- Application Research of Computers
-
刊号
ISSN 1001-3695
CN 51-1196/TP
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